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Es kann auf unterschiedlichste Weise dazu kommen, dass Dateien gleichen Namens - aber mit unterschiedlichem Pfad - im Projekt auftauchen. Mediator meldet das beim Export bzw. beim Check, damit nicht versehentlich Dateien gleichen Namens aber unterschiedlichen Inhalts beim Export überschrieben werden. Handelt es sich tatsächlich um unterschiedliche Dateien, sollten Sie die Duplikat-Datei(en) umbenennen und erneut in Mediator einbinden; am besten über den Dialog "Datendateien". Dadurch müssen Sie nur einmal ändern, egal wie oft eine Datei im Projekt verwendet wird.
Handelt es sich um identische Dateien, können Sie entsprechend vorgehen, es gibt aber auch noch einen schnelleren Weg: Erzeugen Sie aus Ihrem Projekt eine Runtime vom Typ "Alldata". Stellen Sie sicher, dass ein Zugriff auf die Originaldateien nicht möglich ist (z.B. auf einen anderen Rechner kopieren). Jetzt öffnen Sie das Projekt im ordner Alldata, testen es und speichern es danach.
Jetzt zielen automatisch alle Pfade auf den Alldata-Ordner, d.h. es gibt keine doppelten Dateien bzw. unterschiedlichen Pfade für ein- und dieselbe Datei mehr. Von diesem Projekt lässt sich jetzt ohne weiteres eine beliebige Runtime erstellen.